Ex Student Archive




Home About Browse Advanced Search


Davidsson, Katarina (2007) Evaluation of genomic DNA from paraffin-embedded tissue and desmin as a candidate gene for dilated cardiomyopathy in New Foundland dogs. Other thesis, SLU.

Full text available as:
[img]
Preview
PDF
290_Katarina_Davidsson.pdf

Download (538kB) | Preview

Abstract

Syftet med DCM-projektet är att hitta en genetisk koppling till hjärtsjukdomen dilaterad cardiomyopati (DCM) hos hundar av rasen Newfoundland. Den del som presenteras i denna rapport innefattar en utvärdering av DNA från paraffininbäddad vävnad och en kandidatgensundersökning där association mellan genen desmin och sjukdomen DCM utvärderas. DCM är en hjärtsjukdom som drabbar bland annat hundar och människor. Hjärtmuskeln blir förstorad eftersom hjärtat blir utvidgat och orkar inte pumpa ordentligt. Infektion kan vara en orsak till utveckling av DCM, men även andra orsaker finns. Sjukdomen kan i vissa fall ärvas och hos människa har man sett att det är en heterogen sjukdom med flera kända orsakande gener. Hos hund är sjukdomen homogen inom en ras och detta tillsammans med att stora regioner i hundens genom nedärvs tillsammans, vilket kallas "linkage disequilibrium" (LD), gör att de passar bra för genetiska studier. Markörer i genomet jämförs mellan individer för att se vilka regioner som är lika i olika individer. Vävnad inbäddad i paraffin renades från paraffin och sedan extraherades DNA. För att utvärdera kvalitén på DNA gjordes olika tester i PCR utan eller med ytterligare reningssteg såsom fenol/kloroform-rening och spinkolonner. Alla tester resulterade i att kvalitén på DNA från paraffininbäddad vävnad inte är så bra och att det är stor skillnad mellan olika klossar. Dock fanns inget tydligt samband mellan vilka klossar som gav bra eller dåligt DNA, men en möjlig förklaring kan vara att det gått olika lång tid från det att vävnaden tagits från en patient tills det att den bäddats in i paraffin. Kvalitén var ändå tillräckligt bra för att amplifiera en del fragment med mikrosatelliter, som är repetitioner i genomet som används som genetiska markörer. Markörerna låg runt genen desmin och genom att jämföra markörerna i sjuka och friska hundar kunde ingen association mellan genen och sjukdomen hittas. Dock utgjordes haplotypen endast av två markörer varav en som inte var så informativ, d.v.s. det var samma allel i de flesta individerna. En ny studie med kortare fragment med mikrosatelliter eller andra DNA-prover skulle behöva göras.

Item Type: Thesis (Other)
Keywords: Paraffin-embedded, dilated cardiomyopathy, DCM, desmin, Newfoundland
Subject (faculty): Faculty of Veterinary Medicine and Animal Science > Dept. of Animal Breeding and Genetics
Divisions: SLU > Faculty of Veterinary Medicine and Animal Science
Depositing User: Monica Jansson
Date Deposited: 15 Feb 2007
Last Modified: 18 Aug 2015 09:48
URI: http://ex-epsilon.slu.se/id/eprint/1514

Actions (login required)

View Item View Item

Downloads

Downloads per year since May 2015

View more statistics